Il Cortile si identifica con l'area compresa nell'angolo Nord-Est delle mura quadrangolari, delimitata a Nord dal porticato dell'Armeria di Clemente X, oggi noto come Cappella dei Condannati.
All'edificio dell'Armeria avrebbe dovuto poggiarsi, perpendicolarmente, un secondo braccio addossato al muro di cinta che però non fu mai realizzato. La vera del pozzo e le due panchine costituiscono materiale di reimpiego recuperato da scavi eseguiti in quest'area all'inizio del Novecento.
La denominazione, risalente all'età moderna, fu suggerita dall'ipotesi che qui si eseguissero le pene capitali che non volevano essere rese pubbliche.